Dzulkefly Ahmad pernah menjadi pensyarah di Fakulti Sains Perubatan, Universiti Sains Malaysia (USM) di Pulau Pinang (1984-1989) dan HUSM, Kelantan (1993-1997). Beliau menjadi pensyarah tamadun Islam di USM (1987-1997). Dzulkefly adalah bekas anggota British Toxicology Society (BTS) dan bekas Asia Pacific Association of Medical Toxicology (APAMT).[5]

Beliau juga pengasas dan Pengerusi Lembaga Pengelola Kolej Jaiputra, Kelantan (1999-2003), IPTS pertama berakreditasi penuh oleh Kementerian Pelajaran Malaysia yang menjalankan kursus bersepadu antara profesional dan agama. Beliau juga Konsultan di sebuah syarikat pengurus asset di Kuala Lumpur (1999-2001), bekas Pengarah (2003-2004) sebuah Syarikat Awam Tersenarai (PLC-Main Board). Penasihat Kanan sebuah syarikat hartanah milik rakyat Saudi di Kuala Lumpur (2005-2007).Pengarah Syarikat Pendidikan Antarabangsa, berpusat di Oman (2017- kini).